Главное отличие их в обеспечении безопасности ключей подписи при работе ПО. Верба, при работе программного обеспечения (своих библиотек Верба OW) загружает ключ подписи (сертификат) в свое Виртуальное адресное пространство (ВАП), так называемое 3 кольцо. А КриптоПро, при работе ПО ключи загружает в адресное пространство системы (ОС), нулевое кольцо. Вывод, если к машинам возможен НСД, ключи вербы могут быть скомпрометированы. Если говорить о поднятии центра сертификации, то вербу проще настраивать чем КриптоПро.