Самый надежный и естественный способ - привязаться к поставленной задаче, для решения которой, собственно, и написана программа. Этот же способ самый трудный, если поставленная задача не уникальна.
Например, если программа занимается обработкой каких-то хитрых файлов, циркулирующих в каком-то уникальном окружении (некой конторе или некоем наборе мало кому известных приложений), то никто просто не захочет тырить твою программу - она попросту никому не будет нужна кроме заказчика