К недостаткам СПО эксперты отнесли:
* Сложность в инсталляции и настройке ОС
* Потребность в помощи технических специалистов
* Проблемы с подключением ПФУ
* Некорректная работа ряда программ под ОС Linux
* Отсутствие методической поддержки
* Рекомендованные учебники и учебные планы не коррелируют с интерфейсом ОС Linux
* Проблема с открытием документов Microsoft Office
* Необходимость повышения квалификации преподавателей