Как я понял он хочет чтобы трафик по всем протоколам ходил через прокси. В общем это не возможно. Некоторые протоколы способны работать через socks прокси, но  такая поддержка должна быть встроена на уровне клиентского приложения.

Я как раз занимаюсь этой проблеммой под линухом.
Виртуальный сетевой интерфес TUN/TAP все пакеты толкает через символьное устройство (А я сначала сам хотел писать драйвер такой, оказывается он уж есть!). Но эти пакеты не собраны, надо подумать, как их собирать, либо вручную из юзер-моуд, либо драйвером, ещё есть вариант это менять destination и отправлять его обратно, чтобы тот, уже собранный в виде потока появлялся на сервере, который на локалхосте висит. Но вот проблемма, как тогда оригинальный destination узнать??? Хотя решение тоже есть, просто перед отправкой запоминаем destination в таблице, а по адресу источника потом сервер находит destination.

И вообще, есть мысля написать серию статей о тунеллировании и VPN, если я осилю. Уже есть статья о написании кейлоггера, и о преполнении буфера ("опять?!", скажете вы), которую я писал гораздо раньше. Есть вопрос, а в каком формате статьи присылать?
Хе, тема реальная, и материал тоже реальный, только вот надо язык подвешенный.

psix, может ответ будет глупым, но очень помогает Свойства обозревателя -> Подключения -> Настройка LAN пишешь адрес и порт нужного прокси (от HTTP до SOCKS)

imho
весь трафик проще загнать в VPN который и будет работать как прокси да ещё шифровать.

так же может поможет SocksCap для SOCKS-сервером.

Однако лучше чтобы прога сама поддерживала прокси-сервера.

SocksCap, FreeCap - под винды.
tsocks - под линух.
Принцип всех - перехват библиотечных функций.