Не уверен, что я правильно всё понял, но можешь попробовать.
Если скрипт ты можешь запускать просто из коммандной строки , то перенаправь вывод прямо в файл
php script.php > output
в файле output получишь точно то, что возвращает скрипт
Иначе, если вывод происходит через web в броузер, то скрипт должен перед выводом явно указать mime файла, тоесть указать, что он бинарный, например header(''Content-type: application/octet-stream') укажет, что вывод - набор байтов.