флеш исполняется на клиенте со всеми вытекающими последствиями.
Флеш может отправлять и принимать данные на сервер. Но на сервере работает уже не флеш, а скрипты.
Если всеже есть такое взаимодействие с сервером, то можешь выяснить что и куда отправляется, и поискать в том другие уязвимости (например SQL иньекции).
Но если все как ты скахал - сайт полностью на флеше без всякрой динамики на стороне сервера, то дело безнадежное.