В FreeBSD приоритет процессу можно выставить командами idprio и rtprio ( idle proirity и realtime priority соответсвенно ). В твоем случае для понижения приоритета запускай джона вот так:
# idprio 0 john <passwd_file>
или, если надо понизить приоритет уже работающего процесса, так:
# idprio 0 -<john's pid>
Это выставит джону минимально возможный приоритет, т.е. он будет кушать цпу только в том случае, когда других желающих не нашлось или у этих желающих у самих стоит приоритет idle-0. Команды работают только под рутом (так, по крайней мере, написано в манах, сам не проверял этот факт).
Минимальный приоритет не гарантирует, что процесс не появится в топе. Поэтому, если тебе действительно надо убрать джона из топа, поправь сорцы - вставь там где-нибудь sleep() или usleep() в цикле перебора.