Насколько я понял произошло системного партишна винды, Для неё это неприемлемо. Собственно вы сместили весь партишн на величину выравнивания влево... Ну а теперь надо его вправо подвинуть, чтоб вернуть на место. Почему это происходит? Винда до сих пор использует прямое чтение с диска по номеру сектора-дорожки. Это как бы физический адрес записи. Вы его подменили... И ваша система рубо говоря не может стартануть. С енй всё хорошо и ни одна прога не найдёт никакой ошибки. Потому что её там и нет... Прсото вы стартуете не с того адреса!  Есть утилиты, Gparted, KParted и Вы воспользуйтесь ей чтобы вернуть партишн на место где она и должна быть... Возможно вашу прогу можно запустить так же.  Это была такая мода в конце 90-х начале 2000 выравнивать партишны... Ну типа они лучше работали. Была куча статей по этому поводу. Но это те винты были такими. Эти не требуют выравнивания. Однако в старых установщиках систем партишны всегда создаются с выравниванием. Надо иметь это ввиду. пареустановка так же не решит проблемы. Потому что она опять создаст партишн с выравниванием. Формально вам надо каким-то образом отформатировать партишн. Но не срвременным форматом, а тем, что ему надо и что был тогда. К сожалению они разные и иногда не понимают друг друга... И это не только для винды. Например ext4 для fedora 25 не такой как ext4 для ыгыу 11.4, там появились доп опции...Но тут прсото, надо отредактировать файл конфинураций настроек форматирования файловых систем. И можно форматить в старом формате... Можно ли проделать такую фичу в винде не знаю... Видимо нет...