Нарушится. Скорее всего диск восстановления, не является диском системным.

Первый (скрытый) раздел это загрузчик. Ранее он имел размер менее 2 Мб (WINNT 3.1 - 4.0, 2000, XP), на системах DEC Alpha AXP 16 Мб и помещался в NVRAM - повредить его из-под ОС было не возможно, и состоял из трёх файлов - NTLDR, boot.ini, bootloader, при необходимости добавлялся драйвер кодовой страницы и SCSI. Начиная с ОС Vista он размещается в специальном скрытом разделе (у него нет буквы диска и его точка монтирования не доступна пользователю) в первых 100 Мб загрузочного накопителя, далее идёт произвольная разметка накопителя. В разделе восстановления обычно хранится ОЕМ-образ  установочного диска ОС - так завод экономит на стоимости поставки. В данный образ часто включены драйвера и предустановленные программы - такой вариант поставки дистрибутива ОС характерен для ноутбуков. Согласно правилам ОЕМ лицензии поставщик ЭВМ обязан предоставить пользователю копию установочного носителя ОС, а в каком виде он это сделает решает он.

Если вы хотите отформатировать свой диск, то сначала сделайте резервную копию всех данных и драйверов (никогда не помешает), а затем выясните будет ли ваша машина стабильно работать при наличии более чем одного логического тома. Я неоднократно встречался с ноутбуками IBM, Matsushita, Toshiba, Samsung которые при разбивке диска на два и более разделов просто отказывались запускаться, а в лучшем случае работали не стабильно.

В вашем случае если это возможно, вам придётся сначала удалить раздел восстановления, а после создать на свободном месте новый логический раздел и отформатировать его.