Есть ещё более оптимизированный вариант... чтобы не сильно нагружать систему делаешь так на момент старта фиксируешь время функцией, вроде GetActiveWindow (время с момента старта системы) это твой нулевой интервал, а на момент выхода из программы опять её вызываешь и фиксируешь время это конечный интервал, после несложного арифметического действия получишь время работы проги, затем пометил где-нибудь: файле, ключе реестра...
Естественно, что при запуске его нужно считать.