В версии 2.0 было проблемно обновлять винды и антивирусы. Если исключение не настроил, то после перезагрузки все обновления удаляются.
А вот в версии 2.5 добавлена функция Persistence - сохранять все что вы накачали из Интернета (полезные обновления или новый софт) после перезагрузки.
Таким образом вы можете поставить какой-нибудь софт или обновление которые требуют перезагрузки.. поработать - проверить не глючит ли этот софт и если вам нравится то можете сделать операцию commit - запомнить обновления навсегда, либо опять же отключить persistence и все эти обновления сотрутся, как-будто их и не было.
я обычно провожу аналогию между ShadowUser и прозрачной пленкой.. Аналогия следующая: вы кладете на картинку прозрачную пленку и поверх пленки рисуете все что вам вздумается. вам кажется, что вы рисуете прямо на картинке, а на самом деле стоит убрать эту пленку и все ваши изменения уберутся вместе с ней. Ну и естественно в ShadowUser предусмотрены вырезы в пленке - исключения.. чтобы например важные документы всегда сохранялись на диске.
баги все в версии 2.5 были исправлены.
есть несколько программ конкурентов, но они работают по другому принципу и ненадежны.
как сказано выше можно пользоваться программами бекапа диска типа Ghost или TrueImage, но это тяжелеее - надо загружаться с CD, бекапить куда-то жесткий диск и потом в случае проблем.. опять загружаться с CD и восстанавливать образ системы. и потом учитывая размер современых разделов на жестких дисках -  иногда кго бекапить нужно часами или днями а тут нужна просто перезагрузка... все восстановление занимает 30 секунд или меньше