и Goudini  и Razor  правы.
Со сторы сервера, пароли (а точнее хеши паролей) храняться именно в системной таблице mysql.user.
А со стороны клиентских веб приложений, атриьбуты доступа к серверу (лоин, хост, пароль), храняться в исходных текстах скриптах, либо в ресурсах к которым скрипты могут получить доступ. Пароли лежат как правило в открытом виде, реше в колдированном или шифрованном..