Есть предположение, что один (а может, уже все) из личных компьютеров сотрудников заражен, но антивирусные средства не выявляют угроз.

Рассматриваемые компьютеры - ноутбуки с Windows 7. Home и pro, лицензия и пиратские.
На многих системах liveUSB антивирус нашел Generic32 и др. трояны и вирусы, на системе с avg так же был поврежден сертификат какого то исполняемого файла AVG (увы, забыл), так же AVG не удалился из системы полностью, а переустанавливать систему только из-за подозрений не хотелось бы, тк это лицензия, а диск, как обычно, утерян.

Хочу отметить, что теоретически атакующему очень просто получить получить физический доступ к системе, а в прошлом - и с админской учеткой.
Какие характерные признаки могут мне помочь выявить заражение?