Точнее будет сказать - используемые протоколы. Редко когда приложения _сами_ что-то предлагают. За частую просто берется протокол с шифрованием. Например SSH, HTTPS это не настройки конкретных приложений, а протоколы. WPA/WPA2 - так же не настройки приложений а технология которая реализуется как на программном так и на аппаратном уровне. VPN - так же, кстати трафик так же не плохо защищен. Надо понимать что защищенность определяется криптостойкостью алгоритма шифрования относительно времени устаревания информации. Т.е. на пример, я бы не рискнул класть скан паспорта в архив RAR c 6-ти символьным паролем для хранения на шаре. А вот положить туда одноразовый пароль с ограниченным временем использования на день я бы посчитал нормальным.

P.S. Я не рассматриваю паранойю с "анальным огораживанием". Так что заявления что 6 символов подбираются на ферме за час - верны только в случае "анального огораживания", но в средней ситуации описанного более чем достаточно. Не путаем перфеционизм с оптимальным решением.